ในอดีต การปลูกต้นกาแฟจะทำในร่มเงาของต้นไม้ ซึ่งเป็นที่อยู่อาศัยของสัตว์และแมลงทั้งหลายทฤษฎีนี้มักจะเป็นไปตามทฤษฎีเงาดั้งเดิม ในปัจจุบัน เกษตรกรจำนวนมากได้เปลี่ยนไปใช้วิธีการปลูกต้นกาแฟแบบทันสมัย โดยการใช้แสงอาทิตย์ในการปลูกต้นกาแฟ ซึ่งต้นกาแฟจะถูกปลูกเรียงกันเป็นแถวอยู่ใต้แสงอาทิตย์โดยมีปะรำป่าเพียงเล็กน้อยหรือไม่มีเลย การปลูกแบบใหม่นี้ทำให้เมล็ดกาแฟสุกเร็วขึ้นและให้ผลผลิตมากขึ้น แต่การปลูกแบบดังกล่าวจำเป็นต้องตัดต้นไม้ ใช้ปุ๋ยและยาฆ่าแมลงจำนวนมากอีกด้านหนึ่ง การปลูกต้นกาแฟแบบดั้งเดิมจะทำให้เมล็ดกาแฟสุกช้ากว่าการปลูกต้นกาแฟแบบใหม่และให้ผลผลิตน้อยกว่า แต่จะให้เมล็ดกาแฟที่มีคุณภาพสูงกว่า นอกเหนือจากนั้น ทฤษฎีเงาดั้งเดิมยังเป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อมและสามารถเป็นแหล่งที่อยู่อาศัยในกับสิ่งมีชีวิตจำนวนมาก นักวิจารณ์การปลูกกาแฟแบบใหม่กล่าวว่าปัญหาสิ่งแวดล้อม อย่างเช่น การตัดไม้ทำลายป่า มลภาวะที่เกิดจากยาฆ่าแมลง การทำลายที่อยอาศัยของสัตว์ป่า การเสื่อมคุณภาพของดินและน้ำ ทั้งหมดนี้ล้วนเป็นผลข้างเคียงมาจากการปลูกต้นกาแฟแบบใหม่นี้สมาคมดูนกอเมริกันเป็นผู้นำการรณรงค์ "การปลูกในร่มเงา" และ กาแฟอินทรีย์ ซึ่งพวกเขาสนับสนุนให้เปลี่ยนแปลงการปลูกกาแฟให้เป็นแบบดังกล่าว อย่างไรก็ตาม ขณะที่การปลูกต้นกาแฟในร่มหลายแบบแสดงให้เห็นถึงความแตกต่างทางชีวภาพมากกว่าระบบการปลูกต้นกาแฟกลางแจ้ง มันก็ยังเทียบไม่ได้กับป่าท้องถิ่นในแง่ของที่อยู่อาศัยของสัตว์
อีกประเด็นหนึ่งที่ส่งผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม คือ การใช้น้ำในการผลิตกาแฟ ตามที่นิตยสาร New Scientist ระบุว่า ต้องใช้น้ำจำนวนถึง 140 ลิตรในกระบวนการปลูกต้นกาแฟไปจนถึงผลผลิตกาแฟหนึ่งถ้วย และกาแฟมักจะถูกปลูกในประเทศที่มีการขาดแคลนน้ำ อย่างเช่น เอธิโอเปีย
